Essa pergunta mistura dois assuntos, e vale separar antes de qualquer coisa. A cobrança do INPI pra registrar marca é uma taxa federal única, com valor que muda conforme o tipo de titular; pessoa física, MEI e ME/EPP costumam pagar menos que empresa de porte maior (a tabela atual está em gov.br/inpi, porque ela é atualizada com o tempo). Já o imposto sobre faturamento, no CPF ou no CNPJ, é decisão do seu contador, ligada ao regime tributário, sem relação direta com o registro da marca em si.
O pilar completo sobre registro de marca no CPF ou CNPJ detalha quando cada rota faz sentido, incluindo o caso do MEI, que já tem CNPJ simplificado e por isso paga a taxa reduzida junto com pessoa física. O que decide qual titular usar no INPI é a atividade que você já exerce hoje ligada ao nome: empresa formalizada registra na empresa; quem ainda não abriu CNPJ mas já atua registra no CPF, com comprovação. O quanto cada um paga de imposto entra depois, numa conversa que é sobre faturamento, não sobre marca.
Em Florianópolis, essa mistura entre taxa e imposto aparece bastante porque a cidade tem PIB per capita de R$ 58.059,37 (IBGE, referência 2023), reflexo de uma economia com prestador de serviço autônomo, startup em estágio inicial e empresa de porte médio convivendo lado a lado. São perfis tributários bem diferentes entre si, mas todos passam pela mesma taxa do INPI ao registrar marca, só que em faixas diferentes conforme o porte declarado no pedido.
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